إلى جانب الهيئات التأسيسية (المجلس التنفيذي والاتحادات الإقليمية واللجنتين الفنيتين)، ينشئ المؤتمر العالمي للأرصاد الجوية هيئات أخرى لتقديم المشورة بشأن مواضيع محددة. ومن أمثلة هذه الهيئات حالياً: • مجلس البحوث المعني بالطقس والمناخ والمياه والبيئة (مجلس البحوث)، الذي يُعَد القناة الرئيسية لإشراك المجتمع البحثي الدولي في عمل المنظمة. • الفريق الاستشاري العلمي الذي يقدم المشورة بشأن الاستراتيجيات البحثية للمنظمة والتوجهات العلمية المثلى لها، بما يدعم تطوير ولايتها فيما يتعلق بعلوم الطقس والمناخ والماء وما يتصل بها من علوم بيئية واجتماعية. • المجلس التعاوني المشترك بين المنظمة العالمية للأرصاد الجوية واللجنة الحكومية الدولية لعلوم المحيطات (المجلس التعاوني المشترك)، وهو هيئة مشتركة بين المنظمة واللجنة الحكومية الدولية لعلوم المحيطات التابعة لليونسكو، تُعنى بتنسيق مسائل المحيطات التي تهم كلتا المنظمتين. • الهيئة الحكومية الدولية المعنية بتغير المناخ، التي أنشأتها المنظمة العالمية للأرصاد الجوية وبرنامج الأمم المتحدة للبيئة في عام 1988، هي هيئة الأمم المتحدة المعنية بتقييم العلوم المتعلقة بتغيّر المناخ. وتقدم الهيئة تقييمات منتظمة للأسس العلمية التي يستند إليها تغير المناخ، وآثاره ومخاطره المستقبلية، والخيارات المتاحة للتكيُّف معه والتخفيف من هذه الآثار والمخاطر. • اللجنة الاستشارية للشؤون المالية التي تحيل إلى المؤتمر والمجلس التنفيذي النصائح الواردة من أعضاء المنظمة بشأن المسائل المالية، وتسدي إليهما المشورة بشأن قدرة المنظمة على تحمُّل أعباء الميزانية التي تستهدف تحقيق النتائج، واستدامتها وتنفيذها.